Ortaokul dönemi, derslerin içerik ve düzey açısından çeşitlendiği, öğrencilerin pek çok farklı dersle tanıştığı bir süreçtir. Bu dönemde, ulusal sınavlara hazırlık süreci de önemli bir yer tutmaktadır. Ergenlik dönemine geçiş süreci olan ortaokulda, öğrencilerin yetişkin yaşamına adım atmak için gerekli bilgi, beceri ve tutumları kazanmaları hedeflenmektedir. Özel Çubuk Mektebim Koleji Ortaokulu’nda benimsenen “Dünya Benim Proje Alanım” yaklaşımı, öğrencilere dünya vatandaşı olma yolunda çeşitli dersler sunarak hayatı farklı yönlerden tanımalarına yardımcı olmaktadır. Öğrencilerin, 21. yüzyılın gereksinimleri olan bilgiyi arama, verileri okuyabilme ve öğrenmeyi öğrenme gibi yetkinlikleri kazanarak kendilerini geliştirmeleri ve dünyayı daha iyi anlamaları amaçlanmaktadır. Akademik birimlerin oluşturduğu disiplinler arası program sayesinde, öğrenciler temel kazanımlar edinirken, bilimsel çalışmalarda ulusal ve uluslararası platformlarda yer almaktadır. Proje Tabanlı Öğrenme Yöntemi, öğrencilerin eleştirel düşünme, karar verme, problem çözme, zaman yönetimi, iş birliği, üretim yapma, sunum yapma ve ikna etme gibi beceriler kazanmalarını sağlamaktadır. Bu yöntem, 5. ve 6. sınıflarda uygulanmakta ve ölçme-değerlendirme süreçlerinde Rubrik Yöntemi de destekleyici olarak kullanılmaktadır. Teknoloji odaklı dersler, öğrencilerin inovasyon becerilerini geliştirmelerini ve olası problemler için çözümler üretmelerini teşvik etmektedir. E-STEM dersi, öğrencilere matematik, fen bilimleri ve sosyal bilgiler gibi alanlarda edindikleri teorik bilgileri pratikle birleştirerek yenilikçi çözümler üretmelerine olanak tanımaktadır. STEM (Bilim, Teknoloji, Mühendislik ve Matematik) çerçevesinde, girişimcilik potansiyellerini de geliştirmek amacıyla E-STEM derslerinde çeşitli projeler gerçekleştirilmektedir. Öğrenciler, E-STEM derslerinde kazandıkları deneyimlerle ulusal ve uluslararası dijital içerikli yarışmalara katılmakta ve projelerini insanlığa sunma fırsatı bulmaktadır. Özel Çubuk Mektebim Koleji Ortaokulu’nda uygulanan “Müzede Ders” etkinliği, öğrencilerin müze ziyaretleri yaparak ders işlemeleri yerine, okulda öğrendikleri bilgileri müzelerde görerek ve deneyimleyerek pekiştirmelerine olanak tanımaktadır. Bu program, öğrencilerin müze kültürünü benimsemelerine yardımcı olmakta ve aldıkları sertifikalarla portfolyolarını çeşitlendirmektedir. Özel Çubuk Mektebim Koleji Ortaokulu öğrencileri, 5. sınıftan itibaren liselere geçiş sınavına hazırlanmaya başlamaktadır. 5. ve 6. sınıflarda düzenli olarak yapılan deneme sınavları, öğrencilerin öğrendiklerini test etmelerine ve geliştirmeleri gereken alanları belirlemelerine yardımcı olmaktadır. Deneme sınavlarının ardından belirlenen eksik konulara yönelik çalışma grupları oluşturulmakta ve etütlerde bu konular pekiştirilmektedir. Gerekli durumlarda, öğretmenlerin, rehberlik hizmetlerinin ve veli/öğrenci taleplerinin doğrultusunda hafta sonu etütleri de düzenlenmektedir. Öğrencilerin yenilenen sınav sorularına uyum sağlamaları amacıyla, deneme sınavları yeni nesil sorulardan oluşturulmaktadır. Bu sınavlar, öğrencilerin zihinsel sınırlarını zorlamaktadır. Özel Çubuk Mektebim Koleji Ortaokulu, öğrencilerin güven ve sorumluluk duygusunu geliştirmek, ilgi alanlarını keşfetmelerine yardımcı olmak ve uygun beceriler kazandırmak amacıyla bilimsel, sportif, sanatsal, kültürel ve sosyal etkinlikler düzenleyen kulüp çalışmaları sunmaktadır. Okul, çocukların merak duygusunu tetikleyerek yeni kazanımları günlük hayatla ilişkilendirmelerini ve keşif yoluyla öğrenmelerini sağlamayı amaçlamaktadır.